ליקוטי הלכות הוא ספר המתבסס על חידושי התורה והלימוד של רבי נתן עפ״י משנתו של רבי נחמן בהקשר לספר שולחן ערוך, ספר ההלכות היהודי. על כל הלכה הכתובה בארבע חלקי שולחן ערוך (אורח חיים, יורה דעה, חושן משפט ואבן העזר) רבי נתן כותב את הלימוד והעבודה החסידית שניתן להבין דרך ההלכה עפ״י מה שלמד בשיעוריו של רבי נחמן. לא כל הכתבים שחיבר רבי נתן במסגרת הספר ידועים משום שבאותה תקופה היו רודפים אותו מתנגדים ואנשי שלטון רוסיים על כתיבת והדפסת ספרים בניגוד לחוק. למרות זאת, רבי נתן תמיד השתדל לשלוח עותקים לתלמידיו על מנת שישמרו ולא יאבדו. כשרבי נתן התחיל לכתוב את הספר הוא לא חשב שהוא יצא לאור, הוא כתב אותו בעיקר כי רבי נחמן עודד אותו לעשות כן, אולם לאחר זמן הוריד רבי נתן את הספר לדפוס והופץ גם הוא כספר יסוד בחסידות ברסלב. הספר יצא במהדורות שונות וחוברו לו ביאורים שונים.